História 1926 - 1960 Este espaço foi inicialmente idealizado pelo escritor António Montês, com o objectivo de aproximar o pintor José Malhoa da sua terra natal, Caldas da Rainha.

Em 1926, o artista ofereceu uma das suas obras, o óleo "Rainha D. Leonor", à cidade; no ano seguinte, institui-se a “Liga dos Amigos do Museu José Malhoa”, para o qual o artista iria doar mais obras em 1932.

A 17 de Junho de 1933, um despacho ministerial confirma um parecer favorável do Conselho Superior de Belas Artes, autorizando a criação do “Museu José Malhoa”. O Museu seria, então, inaugurado a 28 de Abril de 1934, dia do aniversário de José Malhoa, que havia falecido a 26 de Outubro do ano anterior; o Museu foi, provisoriamente, instalado na “Casa dos Barcos”, no Parque D. Carlos I, um edifício cedido pelo Hospital Termal, abrindo anualmente ao público entre 28 de Abril e 26 de Outubro .

O projecto definitivo, dos arquitectos Paulino Montês (1897-1962) e Eugénio Correia (1897-1985), é concluído em 1937. A 11 de Agosto de 1940, dá-se a inauguração do edifício, no âmbito dos festejos provinciais dos Centenários da Fundação e da Restauração de Portugal, sendo entregue, com todas as colecções, à Junta de Província da Estremadura; o nome da instituição foi, assim, alterado para "Museu Provincial de José Malhoa".

Em 1960, a Junta de Província da Estremadura foi extinta, sendo a gestão do Museu passado a ser assegurada pela Direcção-Geral do Ensino Superior e das Belas Artes, divisão do Ministério da Educação Nacional; a instituição passa a designar-se "Museu de José Malhoa".

1960 - actualidade Em 1962, é organizado o Serviço Educativo e, em 1964, é exposta a colecção de cerâmica, num espaço denominado de "Museu de Cerâmica".

Em 1977, no âmbito das celebrações do Cinquentenário da Elevação das Caldas da Rainha a Cidade, é organizado o evento “Expo Caldas-77 – Retrospectiva de Cerâmica”.

Em 1983, realiza-se, no Museu, uma exposição antológica, para assinalar o Cinquentenário da Morte de José Malhoa.

Em 1992, a colecção de António Montês é legada ao Museu, segundo o testamento da sua viúva, Júlia Paramos Montês; em 1996, esta colecção seria apresentada ao público na exposição "António Montês – Museu de José Malhoa", no centenário do nascimento do fundador da instituição.

Em 2005, o Museu assinalou os 150 Anos do Nascimento de José Malhoa e Centenário da Morte de Rafael Bordalo Pinheiro com a exposição “Malhoa e Bordalo: confluências duma geração”, entre outros eventos.

Em 2007, a denominação da instituição é de novo alterada, para "Museu José Malhoa", de acordo com as orientações do Programa de Reestruturação da Administração Central do Estado.