Portugal participou, pela quarta vez, e segunda consecutiva, numa fase final do Campeonato do Mundo de Futebol, disputada em 2006, na Alemanha. As eliminatórias foram decididas com a Rússia, Eslováquia, Estônia, Letônia, Luxemburgo e Liechtenstein. Apesar da derrota contra a Alemanha na disputa do 3o e 4o lugares, a Selecção Nacional foi recebida em grande pompa e festejos, com o seu desempenho comparável apenas àquele de 1966. Com este último jogo, despediram-se Luís Figo e Pauleta da Selecção Nacional; o primeiro com 33 anos e 127 internacionalizações e o segundo com os seus 47 golos com o equipamento das cores nacionais.
Portugal iniciou as eliminatórias, cerca de quatro meses depois de ter chegado à final do campeonato da Europa (Euro 2004) e tinha por isso responsabilidades acrescidas. O grupo que lhe coube no sorteio era claramente acessível com a Letónia, a Eslováquia, Estónia, Luxemburgo, Liechtenstein e a Rússia. O primeiro jogo foi em Riga com a Letónia, a 4 de Setembro de 2004; Portugal venceu por 2-0 com golos de Cristiano Ronaldo e Pauleta. O jogo ficou marcado pela entrada de uma rapariga (de seu nome Liene Buldure) semi-nua no campo de jogo. Quatro dias depois, a 8 de Setembro, em Leiria, a selecção portuguesa derrotou a Estónia por 4-0, com dois golos de Hélder Postiga e ainda de Cristiano Ronaldo e Pauleta. A maior surpresa desta fase de apuramento estava reservada para 9 de Outubro; nesse dia Portugal esteve a ganhar por 2-0 (Pauleta, mais um auto-golo local) ao fragilíssimo Liechtenstein, mas acabou por consentir um escandaloso empate. A 13 de Outubro no estádio da Luz, a selecção das quinas redimiu-se diante do seu público e ganhou por expressivos 7-1 à Rússia, com dois golos de Cristiano Ronaldo, mais dois de Armando Petit, e ainda Pauleta, Deco e Simão Sabrosa. A 17 de Novembro, Portugal foi ganhar ao Luxemburgo por 5-0, com golos de Pauleta (2), Maniche, Cristiano Ronaldo e ainda um auto-golo luxemburguês. O adversário mais difícil do grupo acabou por ser a Eslováquia: em 30 de Março, em Bratislava não se foi além de um empate a um golo (Hélder Postiga); mas a 4 de Junho, Portugal confirmou-se como líder do grupo com um resultado de 2-0, com golos de Cristiano Ronaldo e Fernando Meira. Nesta altura, a qualificação de Portugal estava praticamente garantida. Portugal foi ainda vencer a Estónia a Tallinn, em 8 de Junho com mais um golo de Cristiano Ronaldo. A 3 de Setembro, Portugal derrotou o Luxemburgo por 6-0 com golos de Pauleta (2), Simão Sabrosa (2), Ricardo Carvalho e Jorge Andrade. A 7 de Setembro, Portugal foi a Moscovo e obteve um empate a zero contra a Rússia. Finalmente, Portugal derrotou o Liechetensetin em Aveiro a 8 de Outubro por 2-1 (Pauleta e Nuno Gomes) e a Letónia, no Porto, a 12 de Outubro por 3-0, dois golos de Pauleta e outro de Hugo Viana.
Para a fase final, Portugal ficará instalado em Marienfeld, no hotel Klosterpforte. É a mesma localidade, mas não o mesmo hotel, que albergou o FC Porto no estágio de pré-época de 2003, no início do ano desportivo da equipa então comandada por José Mourinho até à conquista da Liga dos Campeões da UEFA, final que se realizaria bem perto, em Gelsenkirchen, em Maio de 2004.
A 9 de Dezembro de 2005 foram sorteadas as 32 equipas que irão participar no campeonato em 2006, decidindo-se assim a composição dos 8 grupos. Portugal ficou colocado no grupo D na 4.ª posição juntamente com México (na 1.ª posição), Irão (na 2.ª posição) e Angola (na 3.ª posição). O primeiro jogo de Portugal na fase final será então disputado com Angola no dia 11 de Junho em Colónia.
Portugal nunca antes jogou com o México. Jogou com o Irão uma vez em 1972, na Taça Independência (Mundialito), disputada no Brasil; Portugal ganhou 3-0. Quanto a Angola, as duas selecções lusófonas já se encontraram por duas vezes, ambas em Lisboa, em jogos particulares: em 29 de Março de 1989, Portugal ganhou por 6-0, e em 14 de Novembro de 2001, Portugal ganhou por 5-1; esse jogo no antigo Estádio de Alvalade foi particularmente de má memória: três jogadores angolanos foram expulsos e o jogo teve de ser interrompido no segundo tempo por distúrbios.
Este jogo, caracterizado por uma arbitragem polémica, criticada pelo próprio presidente da FIFA), estabeleceu o recorde de jogo com mais cartões mostrados na história dos Mundiais.
Este jogo foi o último de Luís Figo e Pauleta ao serviço da Selecção Nacional. Figo despede-se, assim, com 33 anos e 127 internacionalizações e Pauleta com os seus 47 golos com o equipamento das cores nacionais.