O Campeonato Nacional de Basquete Feminino de 1999 (2ª edição) foi um torneio realizado a partir de 8 de fevereiro a 17 de abril de 1999 por oito equipes representando cinco estados.
O Campeonato Nacional de Basquete Feminino foi disputado por 8 equipes em duas fases:
Fase Classificatória: As 8 equipes disputaram partidas em um sistema de turno e returno,em que enfrentaram todos os adversários em seu mando de quadra e fora dele.
Playoffs: As quatro equipes classificadas jogaram num sistema mata-mata e a vencedora desses foi declarada Campeã Nacional de Basquete Feminino de 1999. É dividida em 2 partes:
Semifinais: Foi disputada pelas equipes que passaram da primeira fase, seguindo a lógica: (1ª x 4ª); (2ª x 3ª). Estas jogaram partidas em melhor de 5 (jogos), sendo dois mandos de campo para cada e o jogo de desempate, se houvesse, no ginásio da equipe com o melhor índice técnico da Fase Classificatória.
Final: Foi disputada entre as duas equipes vencedoras das Semifinais, em melhor de 5 (jogos), sendo dois mandos de campo para cada e o jogo de desempate, se houvesse, no ginásio da equipe com o melhor índice técnico da Fase Classificatória. A equipe vencedora foi declarada campeã da competição.
Araçatuba, Araçatuba/SP
Botafogo, Rio de Janeiro/RJ
Paraná, Curitiba/PR
Sport, Recife/PE
Vasto Verde, Blumenau/SC
Santo André e 
Paraná passaram de fase
