A Ligue de Football de Mayotte, entidade que gerencia a seleção, não é considerada uma federação oficial nem pela FIFA, nem pela CAF. O estádio onde o time realiza seus jogos é o Complexe de Kawani, localizado em Mamoudzou, a capital da ilha.
O primeiro jogo internacional da seleção foi contra Madagáscar, em janeiro de 2000, que terminou em vitória por 1 a 0 para Mayotte, enquanto a maior vitória foi um 6 a 1 sobre Saint-Pierre e Miquelon, que também não é membro da FIFA, em setembro de 2010. Já a maior derrota foi um 10 a 1 a favor de Reunião, também pertencente à França e é membro associado da CAF, em 2008. Tais resultados, no entanto, não são considerados oficiais pela entidade máxima do futebol.
Em competições, Mayotte participou da Coupe de l'Outre-Mer, torneio que reunia as equipes dos departamentos de ultramar franceses, e disputa os Jogos do Oceano Índico, obtendo a segunda posição na edição de 2015 e o terceiro lugar em 2007 e 2019. Seus adversários mais frequentes, além de Reunião e Madagáscar, são Guiana Francesa, Guadalupe, Nova Caledônia e Maurícia.
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