O Campeonato Cearense de Futebol de 2016 - Série B será disputada por 11 esquipes. Na primeira fase as 11 equipes se enfrentam em turno e returno. As duas melhores avançam para a final em jogo único, que será disputado na casa daquela que tiver feito a melhor campanha. Se houver empate na final, o título será decidido nos pênaltis. As duas finalistas subirão para a Série A do Cearense em 2016. As 4 equipes com piores campanhas serão rebaixadas à Série C 2017.
Os critérios para desempate em números de pontos são os seguintes, aplicados necessariamente na ordem em que aparecem:
1. Maior número de vitórias;
2. Melhor saldo de gols;
3. Maior número de gols pró;
4. Confronto direto (quando o empate for entre apenas duas equipes);
5. Sorteio.