O Athletico Paranaense não vence o São Paulo no Estádio do Morumbi desde o confronto válido pelo Campeonato Brasileiro de Futebol de 1983, quando o Furacão eliminou o Tricolor nas quartas-de-final da competição. Após vencer o jogo de ida por 2x1, o Athletico voltou a vencer com tento marcado por Assis.[6]
A partida válida pelas quartas-de-final do Campeonato Brasileiro de 2001 ficou marcada como sendo um dos jogos mais violentos da história do futebol brasileiro, muito em função do meio-campista rubro-negro Cocito, responsável por tirar de jogo o grande craque da equipe do São Paulo, Kaká, além do armador Adriano.[7][8]
Em 2003, o treinador Mário Sérgio chamou o então recém-chegado zagueiro Diego Lugano de "vagabundo", durante a entrevista coletiva após a vitória do Furacão por 4x3 no Campeonato Brasileiro de Futebol de 2003. O incidente se deu pelo fato de uma disputa entre o uruguaio e o jogador Igor, que saiu de campo após ser atingido pelo cotovelo de Lugano.[9][10]
Uma grande polêmica sobre o local final da Libertadores em 2005 ocorreu entre os dois times, Athletico alegava que a Arena da Baixada com os lugares extras instalados, tinha a capacidade de 40 mil lugares exigida, o São Paulo alegava que só deveriam valer os lugares fixos, e saiu vencedor com amplo apoio da mídia paulista e carioca. Assim o Athletico foi impedido de jogar nos seus domínios o jogo de ida da final da Libertadores. A partida foi realizada em Porto Alegre, no Estádio do Beira-Rio a 740 km de Curitiba, lugar mais próximo autorizado pela Conmebol, o jogo terminou em um empate de 1x1.[11]
No confronto imediato após a final da Libertadores, em partida válida pelo Campeonato Brasileiro de Futebol de 2005, mas um episódio de violência marcou o confronto. O zagueiro Alex Bruno cometeu falta dura em Fabrício. O presidente do Athletico a época, Mario Celso Petraglia indignado se referiu ao jogador como Bambi Assassino, em alusão a alcunha pejorativa atribuída ao São Paulo.[12]
Ao assinar com o promissor Dagoberto após o mesmo deixar o clube paranaense através de uma briga judicial com o clube curitibano, nos anos posteriores, o jogador dificilmente enfrentava o ex-clube. Os motivos eram dos mais variados, desde suspensão por cartões, até alegar problemas estomacais ou mesmo tendo problemas físicos. Chegou ao ponto do jogador ingerir substâncias com risco de doping em momentos próximos aos confrontos agendados para evitar participar dos duelos.[13][14][15][16][17][18][19]
Ewandro, destaque das categorias de base do São Paulo em 2015, foi oferecido ao Atlhetico com opção de compra de 50% do passe. Porém o fato do São Paulo arcar com 100% dos salários do jogador, deu inicio ao processo que mais tarde levaria o presidente do clube a época Carlos Miguel Aidar a renunciar de seu posto[20]. No ano seguinte, o São Paulo vendeu o jogador para a Udinese Calcio da Itália por 8,5 milhões de reais, sendo 3 milhões repassados ao Athletico.[21][22]
O São Paulo comprou o centro-avante Pablo junto ao Athletico para a temporada de 2019, pelo valor de R$ 23,9 milhões, se tornando esta a contratação mais cara da história do clube do Morumbi[23]. Entretanto o clube paulista não realizou parte dos pagamentos no prazo estipulado, e quase sofreu um processo de penhora judicial movido pelos paranaenses.[24]
1999 O Athletico eliminou o São Paulo nas semi-finais da Seletiva para a Libertadores. Foi a primeira vez que o furacão conquistou a vaga para a maior competição continental da América do Sul.
2001 O Athletico eliminou o São Paulo nas quartas-de-final do brasileirão. Naquele ano o Athletico venceria seu primeiro e único titulo do Campeonato Brasileiro.
2005 O São Paulo conquistou sua terceira Copa Libertadores da América ao vencer o Athletico por 4x0 no Morumbi.
2008 O Athletico eliminou o São Paulo, que utilizou um time alternativo[25], na segunda fase da Copa Sul-Americana.