A Copa da Liga Japonesa 2016 é a 25ª edição da Copa da Liga Japonesa, que nesse ano passou a ser chamar J. League YBC Levain Cup para fim de patrocínio. Sua final foi disputada novamente no Estádio de Saitama. O campeão representou a JFA na Copa Suruga Bank de 2017.[1]
Sendo disputada em quatro fases, sendo fase de grupos, quartas, semifinais e final. Na fase de grupos, as equipes são distribuídas em dois grupos - A e B - com exceção dos quatro times classificados a Liga dos Campeões Asiática, que entram nas quartas. onde se juntam aos dois melhores de cada grupo, em jogos de ida e volta, assim como as semifinais.[4]