Os dezesseis clubes vencedores dos play-offs qualificatórios foram divididos em dois potes: o primeiro contendo as quatro equipes com as maiores pontuações na classificação continental de clubes da CAF de 2012 a 2016 e o segundo contendo as demais equipes. De acordo com o regulamento do sorteio, que foi realizado na sede da CAF no Cairo, Egito, cada um dos clubes do primeiro pote foi atribuído a um grupo. Além disso, três equipes do segundo pote foram atribuídas a cada grupo.[3]
Em caso de empate em número de pontos entre duas ou mais equipes ao fim das seis rodadas da fase de grupos, o primeiro critério de desempate será o confronto direto. Se ainda for insuficiente, os critérios de saldo de gols, gols pró e gols contra envolvendo todos os jogos do grupo serão aplicados.[4]
a.^ Faltando uma rodada para o término da fase de grupos, o Al-Hilal foi eliminado da competição após decisão da FIFA de suspender a Associação de Futebol do Sudão de participação em todos os campeonatos ligados à entidade.[5] A Confederação Africana de Futebol manteve todos os jogos para efeitos de classificação e atribuiu uma derrota por 3–0 para o clube na última partida.[6] Posteriormente, em 20 de julho, a CAF decidiu readmitir os clubes sudaneses em competições continentais.[7]