Proteína atada

A definição da proteína atada

Matematicamente, um nó é definido como um subconjunto de pontos tridimensionais homeomórficos a um círculo.^[1] De acordo com esta definição, um nó só fazem sentidos para um laço próximo. Se escolher um ponto no espaço a uma distância infinita e conectar-se ao N e C terminais, respectivamente através de uma ligação virtual, a proteína pode ser tratada como um laço virtual perto. Portanto, o laço é detectado como próximo nó topologia e podemos citar como a proteína nó.

(A) A proteína é uma cadeia aberta.. (B) Para criar um circuito fechado, nós escolhemos um ponto a uma distância infinita, e conectá-lo a N e C terminais e, assim, a estrutura inteira se tornará um topologia em malha fechada.

Introdução da proteína atada

Proteínas atada apresenta um dos problemas mais desafiadores para ambos biólogos computacional e experimental. Apesar de um número cada vez maior de proteínas atada depositados em PDB, ainda não está claro como dobra a de uma proteínas em uma conformação com nós, ou como nó de uma proteína está relacionada à sua função. Embora uma série de métodos computacionais têm sido desenvolvidos para a detecção de proteínas nós, ainda não há métodos totalmente automático para detectar proteínas nós sem a intervenção manual necessária devido aos resíduos falta ou quebra de cadeia nas estruturas de raios-X ou os formatos fora do padrão PDB.

Atualmente, existem 4 tipos de nó identificado em proteínas, o nó 3₁, 4₁, o nó 5₂ e 6₁.

Quatro tipos de nó identificado em proteínas: o nó 3₁ (superior esquerdo), o nó 4₁ (superior direito), os nós 5₂ (inferior esquerdo) eo nó 6₁ (inferior direito). Estas imagens foram produzir por KnotPlot.^[2] Note que o nó 3₁, possui duas formas distintas. O canhoto e destro. O que mostramos aqui é um nó com a mão direita por 3₁

O servidor web para rastrear a proteína atada

Recentemente, um número de servidores web (pKNOT) foram publicados, oferecendo serviço de consulta conveniente para estruturas atada e ferramentas de análise para a detecção de proteínas nós. ^[3]

Referências

↑ Cromwell, P. D. (2004). Knots and Links. Cambridge: Cambridge University Press
↑ Robert, Scharein. «KnotPlot: Hypnagogic Software (Version 0.1)». Nearly all of the images here were created with KnotPlot, a fairly elaborate program to visualize and manipulate mathematical knots in three and four dimensions.
↑ Lai, Y.-L.; Yen, S.-C.; Yu, S.-H.; Hwang, J.-K. (7 de Maio de 2007). «pKNOT: the protein KNOT web server». Nucleic Acids Research. 35 (Web Server). p. W420–W424. doi:10.1093/nar/gkm304

Notas

Este artigo foi inicialmente traduzido, total ou parcialmente, do artigo da Wikipédia em inglês cujo título é «Knotted protein», especificamente desta versão.

[1] Cromwell, P. D. (2004). Knots and Links. Cambridge: Cambridge University Press

[2] Robert, Scharein. «KnotPlot: Hypnagogic Software (Version 0.1)». Nearly all of the images here were created with KnotPlot, a fairly elaborate program to visualize and manipulate mathematical knots in three and four dimensions.

[3] Lai, Y.-L.; Yen, S.-C.; Yu, S.-H.; Hwang, J.-K. (7 de Maio de 2007). «pKNOT: the protein KNOT web server». Nucleic Acids Research. 35 (Web Server). p. W420–W424. doi:10.1093/nar/gkm304

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