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O museu foi criado por Paulo Anselmo Matioli, geólogo, geógrafo, pesquisador, diretor e curador do atual museu . O acervo faz parte da coleção particular de seu diretor e curador que desde criança coleciona minerais, fósseis, rochas, meteoritos e conchas marinhas. Desde adolescente ele presta serviços de consultoria e catalogação para diversos museus da América do Sul, até que em 2001 decidiu montar seu próprio museu. Passou por diversas dificuldades financeiras, pois não possuía uma gestão profissional e depois de sete anos em dificuldades, conseguiu desenvolver uma parceria com a Oscip (Organização Sociedade Civil de Interesse Público) Adesaf (Associação em Defesa da Saúde e da Família).

A ADESAF assinou um convênio com a Prefeitura Municipal de São Vicente em 01 de julho de 2008 para a manutenção e estruturação e o museu foi inaugurado (reinaugurado) em 13 de dezembro de 2008.

O Museu de Ciências Naturais Jóias da Natureza possui um raro acervo com espécies originais e muitas histórias, curiosidades e aventuras agregadas aos exemplares. A exposição é constituída por mais de 1000 exemplares, no entanto, atualmente o Museu JN tem somente 10% do seu acervo naturalista em exposição, o curador possui mais de 10 mil exemplares originais de minerais, rochas, fósseis, meteoritos, conchas, corais, entre outros provenientes de quase todo o planeta e do espaço.

Também disponibilizamos as seguintes interatividades: Espaço Vivo que possui aquário Amazônico, aquário de invertebrados marinhos, tanque de contato com animais marinhos, vitrine com curiosidades animais, aquaterrários com espécies de crustáceos do mangue, além de uma sala de fluorescência que possui minerais que brilham na luz ultra-violeta e o Espaço Gaia, que oferece oficinas de educação ambiental com o reaproveitamento dos resíduos sólidos. Possui também palestras, mensalmente, de diversos temas, sala de vídeo que passa constantemente canais educativos e documentários, mini-biblioteca, que possui livros para consultas locais, vitrine com sementes amazônicas, espaço para exposições itinerantes do próprio acervo do museu, e de outros colecionadores ou obras de artistas, entre outros.