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Phylocode ou Código Internacional de Nomenclatura Filogenética é um conjunto formal de regras que regem a nomenclatura filogenética. O Phylocode foi projetado para nomear as partes da árvore da vida por referência explícita a filogenia e foi concebido de modo que pode ser utilizado simultaneamente com os códigos de nomenclatura existentes.

Uma das teorias mais importantes da biologia é a Teoria da Evolução. Diz-se, a exemplo, que a evolução é o principio ordenador da biologia, e também que a investigação biológica em seu caráter especial visa encontrar a ação contínua da seleção natural. Portanto, se pensa que a classificação do mundo vivo deve refletir o curso da evolução, eliminando subjetivismo e arbitrariedade e ao mesmo tempo, proporcionando informação filogenética.

O PhyloCode nasceu para suprir a necessidade de um código de nomenclatura preciso e coerente em nomear clados de organismo de forma estável e inequívoca, não observada nos códigos tradicionais: Código Internacional de Nomenclatura Botânica ( ICBN ), Código Internacional de Nomenclatura Zoológica ( ICZN ), Código Internacional de Nomenclatura de Bactérias: Código Bacteriológico ( ICNB ), Código Internacional de Vírus classificação e nomenclatura ( ICVCN ). No entanto estes códigos são utilizados como base para determinar a aceitação de nomes específicos pré-existentes. Porém, a regulação e aplicação dos nomes ocorrem independentemente dos códigos de classificação tradicionais. O PhyloCode é aplicável a todos os subtipos de organismo, quer existentes ou extintos.

Histórico

O PhyloCode nasceu a partir de um workshop realizado na Universidade de Harvard, em agosto de 1998, onde foram tomadas decisões sobre seu alcance e conteúdo. Um projeto tornou-se público em 2000, onde foi solicitada a contribuição da comunidade científica. Somente em 2002 foi realizado um segundo workshop, desta vez na Universidade de Yale, em que centrou-se na questão de normalizar os nomes das espécies e da publicação de um livro com nomes de clados filogeneticamente definidos, como um acompanhamento para o PhyloCode.

O Primeiro Encontro Internacional de Nomenclatura Filogenética se deu no ano de 2004, em Paris. Esta foi a primeira conferência, ocorrida durante alguns dias, destinada exclusivamente a nomenclatura filogenética. Desta conferência originou-se a Sociedade Internacional de Nomenclatura Filogenética. A Terceira Reunião Internacional de Nomenclatura Filogenética ocorreu na Universidade de Dalhousie, Canadá, no ano de 2008.

Atualmente o projeto PhyloCode encontra-se na versão 4-c e esta sendo preparado para ser implantando dentro de poucos anos.

Propriedades

Cladograma mostrando dois clados a azul e vermelho. Os ramos a verde não representam um clado, pois os ramos a azul também descendem dali.

O sistema de nomenclatura filogenética, o PhyloCode, apresenta semelhanças e diferenças com os sistemas tradicionais de nomenclatura.

Algumas semelhanças:

• Ambos os sistemas têm os mesmos objetivos fundamentais de fornecer métodos claros para a aplicação de nomes de táxons, selecionando um único nome aceito para um táxon entre sinônimos ou homônimos , e promover a estabilidade e continuidade da nomenclatura na medida em que isso não contradiz novos resultados e conclusões.
• Nenhum sistema infringe o julgamento de taxonomistas em relação ao inferir a composição dos táxons ou a atribuição de classificação taxonômicos.
• Ambos os sistemas usam precedência, uma clara ordem de preferência , para determinar o nome correto de um táxon sinônimos ou homônimos quando existir.
• Ambos os sistemas usam a data da publicação (prioridade cronológica) como o principal critério para o estabelecimento de prioridade.

Algumas diferenças:

• O sistema filogenético é independente da classificação taxonômica. A atribuição de classificação taxonômica não é parte do processo de nomeação e não tem qualquer influência sobre a ortografia ou a aplicação de nomes de táxons, embora os táxons sejam hierarquicamente relacionados.
• No sistema filogenético, as categorias "espécie" e "clado" não formam níveis, mas sim diferentes entidades biológicas. Uma espécie é um segmento de uma linhagem, enquanto um clado é um grupo monofilético de espécies (ou organismos). Ambos são produtos da evolução que têm uma existência objetiva, independentemente de serem nomeados ou não. Como consequência, uma vez que um táxon é nomeado, tal evento deve ser fruto de evidência empírica e não de decisões pessoais.
• O sistema filogenético permite que os nomes possam ser aplicados a táxons de sobreposição parcial (clados). Essa disposição é necessária para acomodar situações envolvendo táxons (ambas as espécies e clados), de origem híbrida.
• Em contraste com os códigos tradicionais, que usam implicitamente definições com base em níveis e tipos para determinar a aplicação de nomes, a nomenclatura filogenética usa definições filogenéticas explícitas. Espécies, espécimes e apomorfias, citados dentro destas definições, são chamados especificadores porque eles são usados para especificar o clado a que o nome se aplica.
• O estabelecimento de um nome sob o PhyloCode exige a publicação e registro. O objetivo do registro é criar um banco de dados abrangente de nomes consagrados, o que reduzirá a frequência de homônimos acidentais e facilitar a recuperação de informações nomenclaturais.

Vantagens e desvantagens

Dois exemplos de cladogramas. Onde (A+B) formam um clado e (A+B+C) formam outro clado, que contém o clado (A+B)

A nomenclatura filogenética apresenta algumas vantagens em relação aos códigos de nomenclatura tradicionais. Ela elimina uma importante fonte de instabilidade nos nomes dos clados devido a mudanças na classificação, além de facilitar a nomeação de novos subtipos quando eles são descobertos. Atualmente, sob os códigos existentes muitas vezes é difícil nomear clados descobertos, devido o nome do táxon estar relacionado com uma classe. A solução é criar uma classificação intermediária não convencional ou na pior das hipóteses deslocar clados para níveis superior ou inferior, gerando uma cascata de alteração nos nomes dos clados. Outro benefício do Phylocode é que ele permite o abandono, mas não exige, das categorias hierárquicas, o que elimina o aspecto subjetivo da taxonomia tradicional. Mais uma vantagem do Phylocode em relação aos demais códigos é que sua aplicação é possível a todos os níveis taxonômicos.

Acredita-se que a classificação filogenética apresente alguns problemas, dentre eles o fato de não conhecermos as relações filogenéticas de muitos organismos e consequentemente não poder classificá-los filogeneticamente. Além disso, com o surgimento de novas evidências sobre uma filogenia, pode ser necessário mudar a classificação da mesma.

Princípios

Os princípios do Código Internacional de Nomenclatura Filogenética são:

• Referência. O objetivo primário de nomear táxon é proporcionar um meio de se referir aos táxons, em vez de indicação dos respectivos caracteres, relações ou associações.
• Clareza. Nomes dos táxons devem ser inequívocos a sua designação específica. Clareza nomenclatural é conseguida através de definições explícitas, que descrevem o conceito do táxon designado pelo nome definido.
• Singularidade. Para promover a clareza, cada táxon deve ter apenas um nome aceito, e cada nome aceito deve se referir a apenas um táxon.
• Estabilidade. Os nomes de táxons não devem mudar com o tempo. Deve ser possível nomear táxon recém-descoberto, sem alterar os nomes dos táxons previamente descobertos.
• Contexto filogenético. Este código está preocupado com a nomeação e a aplicação de nomes de táxons no contexto dos conceitos filogenéticos dos táxons.
• Liberdade taxonômica. Este código permite a liberdade de opinião taxonômica no que diz respeito a como os nomes devem ser aplicados dentro do contexto de uma hipótese filogenética dada.
• Não há "jurisprudência" sob este código. Problemas nomenclaturais são resolvidos pela Comissão de Nomenclatura filogenética (CPN), por aplicação direta do código;

Algumas regras do Código Internacional de Nomenclatura Filogenética

Algumas regras do Código Internacional de Nomenclatura Filogenética são:

• A Natureza do táxon: os grupos de organismos regidos por este código são chamados táxons. Táxons podem ser clados ou espécies, mas apenas nomes clados são regidos pelo Phylocode.
• Clados: um clado é o grupo formado por um ancestral (um organismo, população ou espécie) e todos os seus descendentes.
• Hierarquia e ranking: o sistema de nomenclatura descrita no Phylocode é independente de nível categórico. Embora clados sejam hierarquicamente relacionados, sendo alguns são mais abrangentes do que outros, a atribuição de níveis categóricos (por exemplo, gênero, família, ordem, etc) não é parte do processo de nomeação formal e não tem qualquer influência sobre a ortografia ou a aplicação de nomes dos clados.
• Requisitos gerais para o estabelecimento de nomes dos clados: há duas formas de estabelecer os nomes dos clados, por meio da conversão de nomes de pré-existentes ou introdução de novos nomes.
• Provisões para híbridos: quando houver origem híbrida de um clado, ela pode ser indicada colocando o sinal de multiplicação (×) na frente do nome.