HYPHY

HYpothesis testing using **PHY**logenies
HYPHY
	HYPHY
Desenvolvedor	Sergei Kosakovsky Pond, Art Poon (ambos da UC San Diego), Spencer Muse(Universidade Estadual da Carolina do Norte) e Simon DW Frost (Universidade de Cambridge)
Lançamento	2000
Sistema operacional	Macintosh, Windows, Unix-like
Gênero(s)	Bioinformática
Licença	GPL
Página oficial	www.datam0nk3y.org/hyphy/doku.php

HYPHY é um pacote de software de filogenia computacional, livre, multiplataforma (Mac, Windows e UNIX) criado para realizar análises de máxima verossimilhança de dados de sequência genética e está equipado com ferramentas para testar várias hipóteses estatísticas.^[1] O nome HYPHY é uma abreviação para "HYpothesis testing using PHYlogenies".^[2] Em janeiro de 2009, cerca de 250 artigos revistas científicas peer-reviewed citavam HYPHY.^[3]

HYPHY é desenvolvido por Sergei Kosakovsky Pond e Poon Art da UC San Diego, Spencer Muse(Universidade Estadual da Carolina do Norte) e Simon DW Frost (Universidade de Cambridge.

Principais características

HYPHY suporta a análise de proteínas, nucleotídeos e sequências de códon, utilizando modelos padrão predefinidos ou modelos de evolução definidos pelo usuário. O pacote suporta a interação através de uma interface gráfica de usuário, bem como uma linguagem em batch para configurar análises grandes e complicadas e processar os resultados.^[1]

Hyphy inclui um conjunto versátil de métodos para detectar a evolução adaptativaem sítios de amino-ácidos individuais e/ou linhagens, incluindo generalizações de Nielsen-Yang PAML e abordagens Suzuki-Gojobori e muitos outros.

História

O desenvolvimento de Hyphy começou em 1997, com a primeira versão pública em 2000 A versão mais recente, a partir de janeiro 2009, é a 0.99+ beta, compilada em 8 de maio de 2008.^[2]

Software/Disponibilidade de código e licença

HYPHY é distribuído como software do código aberto com código-fonte liberado sob a licença GPL. Binários compilados para Mac OS (9 e X) e Windows estão disponíveis para download. O código fonte está disponível para que os usuários possam compilar o aplicativo Hyphy em sistemas Unix-like.

Um subconjunto de métodos de HYPHY para a detecção de evolução adaptativa também são disponibilizados pela equipe HYPHY na UC San Diego no cluster DataMonkey.^[4]

Referências

↑ ^a ^b Pond SL, Frost SD, Muse SV (2005). «HyPhy: hypothesis testing using phylogenies». Bioinformatics. 21 (5): 676–9. PMID 15509596. doi:10.1093/bioinformatics/bti079
↑ ^a ^b «HYPHY Package Page». Consultado em 22 de janeiro de 2009
↑ «Busca de trabalhos citando a publicação HYPHY no Google Scholar». Consultado em 22 de janeiro de 2009
↑ Pond SL, Frost SD (2005). «Datamonkey: rapid detection of selective pressure on individual sites of codon alignments». Bioinformatics. 21 (10). p. 2531–3. PMID 15713735. doi:10.1093/bioinformatics/bti320. Consultado em 22 de janeiro de 2009

Ver também

Ligações externas

[pmid15509596-1] Pond SL, Frost SD, Muse SV (2005). «HyPhy: hypothesis testing using phylogenies». Bioinformatics. 21 (5): 676–9. PMID 15509596. doi:10.1093/bioinformatics/bti079

[urlHYPHY-2] «HYPHY Package Page». Consultado em 22 de janeiro de 2009

[url-_Google_Scholar-3] «Busca de trabalhos citando a publicação HYPHY no Google Scholar». Consultado em 22 de janeiro de 2009

[pmid15713735-4] Pond SL, Frost SD (2005). «Datamonkey: rapid detection of selective pressure on individual sites of codon alignments». Bioinformatics. 21 (10). p. 2531–3. PMID 15713735. doi:10.1093/bioinformatics/bti320. Consultado em 22 de janeiro de 2009

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