PAUP

Phylogenetic Analysis Using Parsimony
PAUP
Desenvolvedor	David L Swofford
Escrito em	C
Sistema operacional	Macintosh, Windows, Unix-like
Gênero(s)	Bioinformática
Página oficial	PAUP* 4.0

PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) é um programa de filogenia computacional para inferir árvores evolutivas (filogenias), escrito por David L. Swofford. Originalmente, como o nome indica, PAUP implementava apenas o método da máxima parcimônia, mas a partir da versão 4.0 (quando o programa ficou conhecido como PAUP*) ele também passou a suportar os métodos de matriz de distâncias e de máxima verossimilhança. A versão 3.0 funciona em computadores Macintosh e suporta uma interface gráfica rica e amigável. Juntamente com o programa MacClade,^[1] com o qual compartilha o formato de dados NEXUS,^[2] PAUP é o programa preferido de muitos filogeneticistas.^[3]

A versão 4.0 adicionou suporte para as plataformas Windows (interface gráfica e linha de comando) e Unix (linha de comando apenas). No entanto, a interface gráfica do usuário para a versão Macintosh requer o ambiente Classic, que já não é suportado pelo Mac OS X 10.5 e versões posteriores. Há uma versão de linha de comando do PAUP* para Macs baseados em Intel.

Ver também

Ligações externas

Referências

↑ D R Maddison & W. P. Maddision. MacClade 4: Analysis of Phylogeny and Character Evolution. [S.l.: s.n.] ISBN 0-87893-470-7. Consultado em 23 de outubro de 2011. Arquivado do original em 27 de setembro de 2011
↑ Maddison, D. R.; Swofford, D. L.; Maddison, W. P. (1997). «NEXUS: an extensible file format for systematic information.». Systematic biology. 46 (4). p. 590–621. ISSN 1063-5157. PMID 11975335. doi:10.1093/sysbio/46.4.590
↑ Hall, Barry G. (2001). Phylogenetic Trees Made Easy. A How-To manual for Molecular Biologists (em inglês). Sunderland, massachusetts: Sinauer. 179 páginas. ISBN 0-87893-311-5

[manual-1] D R Maddison & W. P. Maddision. MacClade 4: Analysis of Phylogeny and Character Evolution. [S.l.: s.n.] ISBN 0-87893-470-7. Consultado em 23 de outubro de 2011. Arquivado do original em 27 de setembro de 2011

[2] Maddison, D. R.; Swofford, D. L.; Maddison, W. P. (1997). «NEXUS: an extensible file format for systematic information.». Systematic biology. 46 (4). p. 590–621. ISSN 1063-5157. PMID 11975335. doi:10.1093/sysbio/46.4.590

[Hall-3] Hall, Barry G. (2001). Phylogenetic Trees Made Easy. A How-To manual for Molecular Biologists (em inglês). Sunderland, massachusetts: Sinauer. 179 páginas. ISBN 0-87893-311-5

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